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2006年，帕金森氏症序列绘借助于谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）构想以多形特质胶质母细胞膜性疾病（GBM）、脾大块细胞膜胰脏（LUSC）和腺体浆液特质囊食道胰脏（OV）开始为期3年的试点单位这两项，2009年~2015年全面性作准备。到这两项月初内，TCGA网络研究成果工只用者已描绘了33种帕金森氏症子类10,000余则有病患的小分子简而言之，并假定了很多小分子甲型。TCGA值得特别注意的针灸关键简而言之推选格泛化的比对搜罗。为确保正确用到这些具序列简而言之的海量针灸比对，最近TCGA启动一批重大成果，发表格在CellPress旗下的期刊。

本文对4月初5日发表格Cell上的一文同步进行编译。发表文章揭示以OS（总求生期）、PFI（无成效在在隔一段时在在）、DFI（老死在在隔一段时在在）和DSS（特质疾病相关存活）为四个主要针灸结果三站的TCGA泛帕金森氏症针灸比对森林资源（TCGA-CDR）规范比对库，并所述了每种帕金森氏症子类的三站用到决定。TCGA针灸比对可从序列比对共五享空在在（GDC）门户网站下载，所有的小分子比对在下载。针灸比对和小分子比对用到举则有来说的条码结构，便于病患的针灸古文献资料和比对小分子比对建构。

TCGA泛胰脏比对库函数调用简而言之

绘借助于1A为针灸比对建构和深入研究法则及4个主要针灸三站相异和审核的流程绘借助于,对33份初始登记和97份近期比对文件，共五33种帕金森氏症子类111,60则有帕金森氏症病患的古文献资料同步进行了处理方式。表格1为每个TCGA函数调用的基本简而言之。按原发比对根据小分子简而言之选中每个函数调用，面部黑色素性疾病（SKCM）的原发和移借助于灶两种子类都有，其它极少数的原发与移借助于子类也有研究成果。

绘借助于1. 针灸比对建构和深入研究法则及4个主要针灸三站相异和审核流程绘借助于

表格1. TCGA 泛胰脏函数调用简而言之

针灸结果三站OS、PFI、DFI和DSS

总求生期（OS）很极其重要，特点是假定OS血案时模糊特质最低。但用到OS只用三站有可能削弱针灸研究成果，因为非胰脏尸检不一定能反映借助于生物学、摧残特质或对均科手术减缓。用到OS或必需更为长的随访一段时在在；很多针灸试验之此前，通常改用比起随访一段时在在较短的DFI或PFI。针对现阶段TCGA针灸比对，要体认到短时针灸随访在在隔一段时在在在摧残特质帕金森氏症子类结果的极其重要特质，因为有可能几年内就掩蔽到针灸血案，在致死此前已消逝病情罹患或成效。对摧残特质较弱的帕金森氏症子类，病患在数十乃至几十年后罹患，随访之此前有可能无法掩蔽充分血案以支持精确结果供判断。该深入研究的最终目标是安全检查TCGA泛胰脏针灸解析的比起优势和缺乏，他的学生今后的深入研究和避开随访在在隔一段时在在一段时在在缺乏等缺陷。

深入研究全部TCGA针灸比对后，得出结论如下：在比对可获得时，OS、PFI及DFI比起精确，但以外情形只能估计值DSS。绘借助于1B为33种有所不同帕金森氏症子类的OS K-M曲面。尽管求生深入研究不是TCGA主要最终目标，以外帕金森氏症子类求生曲面与只不过审核相同求生三站的法理研究成果十分相似，GBM、OV（2008, 2011）和低级别胶质性疾病（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好则有证。PFI、DFI和DSS的K-M曲面见绘借助于1C–1E。

绘借助于1 B-E针灸比对深入研究

基于每种帕金森氏症子类4个三站的掩蔽一段时在在计算平均随访一段时在在及血案或安全检查的之此前位一段时在在（表格2）。所有的之此前位随访一段时在在为22.1个月初，但有所不同子类帕金森氏症该一段时在在差别极大；GBM和急特质髓系白血病（LAML）最短大约12个月初，而肾嫌色细胞膜胰脏（KICH）最长大约48个月初。

表格2 基本上之此前位随访一段时在在及4个三站的血案与掩蔽之此前位一段时在在

力荐用到的针灸结果三站

针灸结果三站为了让取决于研究成果最终目标、血案数量、函数调用不等和结果比对运动速度。将这些法则和开发的其它法则只用为对单个特质疾病比对库的测试和必要安全检查，所述在每种特质疾病子类之此前用到每个结果三站的决定及理由（表格3）。每种帕金森氏症子类的求生三站必未必需要仅仅通过一个主要测试和必要安全检查才被接受。33种胰脏之此前的13种用到全部4个三站：食道尿路上皮胰脏（BLCA）、宫颈大块细胞膜胰脏（CESC）、结肠胰脏（COAD）、食管胰脏（ESCA）、外周大块细胞膜胰脏（HNSC）、肾状细胞膜胰脏（KIRP）、脾食道胰脏（LUAD）、LUSC、OV、胰食道胰脏（PAAD）、肉性疾病（SARC）、胃食道胰脏（STAD）和子宫内膜胰脏（UCEC）。相反，不会一个三站的有嗜铬细胞膜性疾病和副神经节性疾病（PCPG）。小肠弥漫大B细胞膜小肠性疾病（DLBC）、LAML和颊腺性疾病（THYM）仅一个三站；剩余帕金森氏症子类2或3个三站，但其之此前一些持保留建议。最精确的是PFI，可无保留地力荐给除LAML（无比对）、DLBC和KICH（审慎用到）和PCPG（不力荐）均的4种。

表格3 三站OS,PFI,DFI及DSS的审核与力荐用到

解析TCGA-CDR及犯罪行为应用

在乳食道胰脏研究成果之此前，雌激素ER单数病患针灸求生期预后比ER+病患差。分别用OS、PFI、DFI和DSS相对这两类病患的求生期（绘借助于3A–3D；曲面月初内于10年随访一段时在在，但用到整个比对库同步进行深入研究）。单因素所深入研究显示，用到PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）只用为针灸三站，TCGA之此前ER+乳食道胰脏病患比ER-病患有更为好的求生期，但用到OS时两类病患在在不存有差别(p = 0.097) 。此均，两类病患的DSS（p = 0.009）有特别是在差别，表格明DSS的潜在商业价值。以上断定推论得出结论了PFI和DFI是特定子类乳食道胰脏小分子研究成果的合适三站。

绘借助于3 解析和应用举则有来说

此均还解析了摧残特质GBM求生结果三站。TCGA之此前GBM之此前位OS为12.6个月初，介于之此前报道的标准化均科手术的12.1个月初和标准化均科手术联合替莫唑胺的14.6个月初之在在。之此前位PFI是6.1个月初，介于之此前报道的标准化均科手术5个月初和标准化均科手术联合替莫唑胺的6.9个月初之在在。显然，TCGA比对库OS和PFI血案一段时在在与古文献完全一致。旋即佐证OS和PFI只用为GBM小分子研究成果的针灸三站效度。

用Cox数量效用紧接著数学法则确认高期（III、IV期）比起低期（I、II期）帕金森氏症病患的效用比（HR），解析4个三站的TCGA-CDR比对。由于DFI假定与其它结果的假定不完全一致，对力荐用到OS、PFI和DSS的14种子类帕金森氏症相对logHR（表格3）。随后仅对符合Cox数量效用假定的特质疾病同步进行统计（绘借助于3E–3G）。结果表格明，14种子类帕金森氏症之此前，除在在皮性疾病（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素性疾病（UVM）均，高期对比低期HR在3个力荐三站OS、PFI及DSS上显着极低。改用配对比对的Wilcoxon秩和检验，当用到PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有特别是在差别，显示特质疾病成效和求生三站在HR上存有系统差值；OS与DSS之在在不会特别是在差别（p = 0.106）。对2个logHR值的标准化误将同步进行逆基本单位确认Pearson相关系数， 由logHR估计值的3种结果有极特别是在正相关：PFI和OS相关系数0.96（95%置信区在在[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区在在：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区在在：0.61–0.98）。这些关联特质潜在支持针灸早期用PFI，初用OS和DSS做三站。

除了建构小分子比对，还尝试深入研究首次均科手术后老死病患与非老死病患有否消逝有所不同的取而代之血案。TCGA-CDR之此前29类帕金森氏症电子邮件用以克服该关键问题，归属于病患从检验到启动首治并超过老死正常仅仅存活3个月初。以LUSC为则有，有289则有老死病患和41则有长期非老死病患，NTE亲率计有21.8%和68.2%。用Cox数量效用紧接著数学法则，断定在非老死病患之此前NTE效用特别是在略高于老死病患（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q值＜0.05）。在另均21种帕金森氏症子类之此前也有类似结果（表格4）。余下7种之此前不会掩蔽到这些差别。我们也在审核有否每个数学法则都符合数量效用假定，其之此前有两个不符合，必未必需要研究成果一段时在在依赖及多常量数学法则来寻找理由。

表格4 非老死与老死病患NTE拓展对比

TCGA从世界特质数百个条线路搜罗确诊，为克服针灸比对有所不同条线路在在的可比特质，必需考虑比对基本特质、和病患简而言之等。对每种特质疾病而言，我们对比了此前两名给予确诊数最多的组织来源条线路（TSS）与所有其它TSS的同种特质疾病及4个结果三站（表格5）。

表格5 对来自此前两位TSS的每个帕金森氏症子类研究成果结果同步进行相对

对于GBM等极具摧残特质的，此前两位TSS（#1和#2）的发病症群与其它TSS相较类似的有OS、PFI和DSS，因血案想像中少难以深入研究不力荐DFI做三站。BRCA等较低摧残特质，强力力荐用到PFI和DFI，但决定审慎用OS或DSS审核。TSS #1的针灸比对造成不想像中好的OS和DSS，但不会掩蔽到PFI差别；另均，表格面上TSS#1有更为好的DFI结果，仅消逝3则有 DFI血案。这种表格里不一的情况表格明该条线路的结果比对必需促使审核。另一层面，TSS #2的4个三站结果与其它以前完全一致。

这个简单的结果相对表格明，当从特定结果深入研究整体TCGA的针灸比对时，必未必需要考虑TSS的具体情况电子邮件。由于年龄、分期/分级及均科手术等因素所因素所有所不同TSS患病症群的三站结果，TSS可以只用为这些和不完全针灸释义等其它未测量差别的替代。

潜在的相异因素所、竞争者结果的

效用及数学法则假定

对针灸求生三站深入研究来说，决定用到所处理方式的全部针灸比对。但相较小分子/序列比对的建构深入研究，要特别注意两个层面。首先，力荐建议基于基线求生数学法则，以小分子甲型只用得借助于位点划分比对集，有有可能摧毁结果统计的特别是在特质差别。因此，从面对面关联的TCGA小分子比对或甲型TCGA-CDR结果比对之此前推论的得出结论必需在法理的比对库之此前促使推论得出结论。

第二，我们决定仅用到原发的小分子比对，因为病患初诊时，极其重要一段时在在电子邮件等反之亦然的针灸比对已搜罗比起基本。面部黑色素性疾病（SKCM）在TCGA子类之此前比较特殊，470则有之此前仅103则有原发，其余296则有为原发区域内支气管移借助于，68则有远端移借助于。这与很少搜罗到移借助于性疾病的其它TCGA帕金森氏症子类构成鲜明对比。SKCM移借助于性疾病很少有着反之亦然的原发，而其它TCGA帕金森氏症子类尽管很少有移借助于性疾病，但都有着反之亦然的原发比对。因此，对于SKCM结果的关联特质，决定只用到有限数量的原发确诊，尽管SCKM支气管移借助于的III期确诊可只用为法理组群同步进行研究成果。

在用到取而代之建构的TCGA-CDR比对库时，还必未必需要特别注意：潜在混淆因素所、竞争者结果的效用及数学法则假定。

相异因素所

相异因素所存有但被排除在数学法则之均时，差值有可能归因于或低估真实。如在乳食道胰脏的种族差别研究成果之此前，黑人与黑人病患之在在存有极其重要的基因表格达差别，然而根据小分子甲型同步进行调整后，这种差别特别是在减少甚至消逝。治果也是潜在的相异因素所，当电子邮件可获取时应适当考虑调整。均科手术可能时，年龄、诊治养老院及检验先后顺序等标准化均科手术只用为替代电子邮件能减少部分误将差。对这层面的各项政策建模，积极用到标志物预后研究成果决定分析报告（REMARK）。

竞争者结果的效用

测DSS、DFI和PFI三站时，要对不会经历极其重要血案且老死的致死病患同步进行审议。在这种情形，如果假定病患不会其它尸检，那她/他最终仍有可能死于帕金森氏症指征。然而，在估计值均科手术等得借助于位点对继发特质帕金森氏症或心血管特质疾病等非指数帕金森氏症致死效用的得借助于战斗能力时，该假定未必就其。

数学法则假定

应用Cox数量效用（PH）数学法则只能安全检查PH假定。除少数犯罪行为均，大以外数学法则都符合Cox PH假定，但必需促使探索这些个案以推断借助于无视假定的理由，从而对HR做借助于更为准确的估计值。尽管已经为清扫比对和克服关键问题获益了庞大努力，但仍存有极其重要的用到受限制，访问TCGA针灸比对都只能了解这些受限制。

首先，TCGA主要是为小分子研究成果设计，早先确诊为了让来自多个机构有着合适库存组织的未均科手术原发确诊，因此这些确诊不构成连续特质。此均，对于每种有所不同子类/研究成果，随访比对不会分立搜罗。同时，针灸比对搜罗的一些规则在只不过设法随着一段时在在的更长而偏离。TCGA - CDR不值得特别注意帕金森氏症均科手术文化史，并非所有确诊都被释义。因此，深入研究特定子类或甲型的均科手术背景强于概况特质泛胰脏深入研究。当病患同步进行具体情况均科手术时，受益能用DFI和PFI三站必需深入研究。

其次，TCGA比对针灸随访根据当地诊所的一段时在在表格，有可能为特质疾病或特定脾脏的罹患和病症极其重要心灵正常的详细描述，因此不会TCGA指定的针灸随访构想，仅所述这两项主要强调的小分子简而言之。

最后，完全所有TCGA获得的比对和序列及小分子比对来自取而代之诊病患原发的单个切开，由此造成的序列和小分子比对不能在空在在或一段时在在任何层面完全一致捕获推选格另一病患结果常量的异质特质。该关键问题不是TCGA独有的，任何静态原发特质研究成果都存有。

展望

这项工只用是有文化史以来第一次全面性取而代之方法处理方式TCGA泛胰脏针灸古文献资料。由此造成的TCGA-CDR的结果三站与法理非TCGA研究成果结果完全一致，说明该森林资源在空此前规模的针灸微小上给予了生物观测取而代之视角。也要体认到TCGA-CDR的内在用到局限特质及关键特质他的学生和力荐建议。已经比较明晰，人类特质疾病未来会大规模的小分子研究成果只能取而代之方法搜罗针灸病症、均科手术和代管血案比对，以坚持次于标准化的针灸研究成果。尽管有其局限特质，TCGA-CDR给予了规范比对库，以及准确的4个针灸结果三站导借助于，并克服了运动速度关键问题，从而在泛胰脏和个体高度上同步进行产物研究成果。未来会比对研究成果的糅合将提高结果之在在的可比特质，更为好地表述和支持每一次。

参考古文献资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics